Việc làm từ thiện của Rockefeller bắt đầu với công việc đầu tiên của mình với tư cách là thư ký ở tuổi 16, khi anh ta đóng góp sáu phần trăm thu nhập của mình cho tổ chức từ thiện, như được ghi trong sổ kế toán cá nhân của anh ấy. Đến khi ông 20 tuổi, tổ chức từ thiện của ông vượt quá mười phần trăm thu nhập của ông. Phần lớn những đóng góp của ông là liên quan đến nhà thờ.[82] Nhà thờ của ông sau đó được liên kết với Công ước Baptist Bắc, được hình thành từ những người Báp-tít ở miền Bắc với quan hệ với các nhiệm vụ lịch sử của họ để thiết lập trường học và cao đẳng cho người tự do ở miền Nam sau Nội chiến Mỹ. Rockefeller đã tham dự các nhà thờ Baptist mỗi Chủ Nhật; khi đi du lịch, ông thường xuyên tham dự các dịch vụ tại các hội thánh Báp-tít người Mỹ gốc Phi, để lại một khoản hiến tặng đáng kể.[82] Vì sự giàu có của Rockefeller đã tăng lên, do đó, ông đã đưa ra, chủ yếu cho các nguyên nhân về sức khỏe cộng đồng và giáo dục, mà còn cho khoa học cơ bản và nghệ thuật. Ông được khuyên là chủ yếu bởi Frederick Taylor Gates[83] sau năm 1891,[84] và, sau năm 1897, cũng bởi con trai.

Ông bị cáo buộc chịu ảnh hưởng[Còn mơ hồ – thảo luận] bởi một cuộc họp vào năm 1893 với Swami Vivekananda, người đã thúc giục ông sử dụng nhiều hơn từ thiện của mình để giúp đỡ những người nghèo và đau khổ.[85][86]

Rockefeller tin vào Phong trào Hiệu quả, lập luận rằng: "Để giúp một ngôi trường không hiệu quả, không có bệnh, không cần thiết là một sự lãng phí... rất có khả năng là đủ tiền đã bị lãng phí trong các dự án giáo dục không khôn ngoan để xây dựng một hệ thống quốc gia giáo dục đại học phù hợp với nhu cầu của chúng tôi, nếu tiền đã được chuyển hướng đến đúng mục đích đó."[87]

Rockefeller và các cố vấn của ông đã phát minh ra khoản trợ cấp có điều kiện, yêu cầu người nhận phải "nhổ tận gốc tổ chức trong tình cảm của càng nhiều người càng tốt, với tư cách cá nhân, và sau đó có thể được tính để cung cấp cho tổ chức quyền lợi thận trọng của họ và sự hợp tác".[88]

Năm 1884, Rockefeller cung cấp tài trợ lớn cho Chủng viện Baptist Nữ Atlanta ở Atlanta cho phụ nữ Mỹ gốc Phi, trở thành trường cao đẳng Spelman.[89] Vợ ông Laura Spelman Rockefeller, được dành riêng cho quyền công dân và bình đẳng cho phụ nữ.[90] John và Laura quyên góp tiền và ủng hộ Chủng viện Baptist Nữ Atlanta có nhiệm vụ phù hợp với đức tin của họ. Hôm nay được gọi là trường Cao đẳng Spelman, một trường Cao đẳng Đen hoặc Đại học Lịch sử phụ nữ (HBCU) ở Atlanta, GA., Được đặt tên theo gia đình của Laura. Gia đình Spelman, luật của Rockefeller, cùng với John Rockefeller là những kẻ phá hủy nhiệt tình trước Nội chiến và được dành riêng để hỗ trợ Đường sắt ngầm.[90] John Rockefeller đã rất ấn tượng với tầm nhìn của nhà trường và loại bỏ khoản nợ từ trường. Tòa nhà hiện có lâu đời nhất trên khuôn viên trường Spelman, Rockefeller Hall, được đặt tên theo ông. Rockefeller cũng đã đóng góp đáng kể cho Đại học Denison[91] và các trường cao đẳng Baptist khác.

Rockefeller trao 80 triệu đô cho Đại học Chicago[92] dưới thời William Rainey Harper, biến một trường đại học Báp-tít nhỏ thành một tổ chức đẳng cấp thế giới vào năm 1900. Ngài cũng ban một khoản trợ cấp cho Hội truyền giáo Hoa Kỳ Báp-tít ngoại giao, Hội Truyền giáo Hoa Kỳ Báp-tít Hoa Kỳ trong việc thành lập Đại học Trung Phi, Báp-tít đầu tiên và Đại học Mỹ ở châu Á, năm 1905 ở Philippines Công giáo nặng nề.[93][94]

Hội đồng giáo dục chung của Rockefeller, được thành lập vào năm 1903,[95] được thành lập để thúc đẩy giáo dục ở mọi cấp độ ở khắp mọi nơi trong nước.[96] Để phù hợp với các nhiệm vụ lịch sử của người Báp-tít, nó đặc biệt tích cực trong việc hỗ trợ các trường học da đen ở miền Nam.[96] Rockefeller cũng hỗ trợ tài chính cho các tổ chức phương Đông như Yale, Harvard, Columbia, Brown, Bryn Mawr, Wellesley và Vassar.

Theo lời khuyên của Gates, Rockefeller đã trở thành một trong những nhà hảo tâm đầu tiên của khoa học y tế. Năm 1901, ông thành lập Viện nghiên cứu y học Rockefeller[95] ở thành phố New York. Nó đổi tên thành Đại học Rockefeller năm 1965, sau khi mở rộng nhiệm vụ của mình để bao gồm giáo dục sau đại học.[97] Nó tuyên bố một kết nối với 23 người đoạt giải Nobel.[98] Ông thành lập Ủy ban Vệ sinh Rockefeller năm 1909,[95] một tổ chức cuối cùng đã loại trừ căn bệnh giun móc,[99] vốn từ lâu đã cản trở các vùng nông thôn của miền Nam nước Mỹ. Ban Giáo dục Tổng Quát của ông đã có tác động đáng kể bằng cách tài trợ cho các khuyến cáo của Báo Cáo Flexner năm 1910. Nghiên cứu này được thực hiện bởi Quỹ Carnegie vì Sự Tiến Bộ Giảng Dạy.

Rockefeller đã thành lập Quỹ Rockefeller năm 1913[100] tiếp tục và mở rộng phạm vi công việc của Ban vệ sinh,[95] đóng cửa vào năm 1915.[101]

Ông đã tài trợ gần 250 triệu đô la cho quỹ,[89] tập trung vào y tế công cộng, đào tạo y khoa và nghệ thuật. Nó ban tặng cho Trường Vệ sinh và Sức khỏe Cộng đồng Johns Hopkins,[95] người đầu tiên thuộc loại này.[102] Nó cũng xây dựng Trường Cao đẳng Y tế Liên minh Bắc Kinh tại Trung Quốc thành một tổ chức đáng chú ý.[91] Nền tảng đã giúp cứu trợ chiến tranh thế giới thứ nhất,[103] và nó sử dụng William Lyon Mackenzie King of Canada để nghiên cứu quan hệ công nghiệp.[104]

Trong thập niên 1920, Quỹ Rockefeller tài trợ cho một chiến dịch diệt trừ giun móc thông qua Ban Y tế Quốc tế. Chiến dịch này đã sử dụng sự kết hợp giữa chính trị và khoa học, cùng với sự cộng tác giữa các nhân viên y tế và các quan chức chính phủ để hoàn thành mục tiêu của mình.[105]

Hoạt động từ thiện chính thứ tư của Rockefeller, Quỹ Tưởng niệm Laura Spelman Rockefeller, được thành lập năm 1918.[106] Thông qua điều này, ông đã hỗ trợ công việc trong các nghiên cứu xã hội; điều này sau đó được hấp thụ vào Quỹ Rockefeller. Trong tổng số Rockefeller quyên tặng khoảng 550 triệu USD.[107]

Rockefeller đã trở nên nổi tiếng trong cuộc sống sau này của mình cho việc thực hành cho dimes cho người lớn và nickels cho trẻ em bất cứ nơi nào ông đã đi. Anh thậm chí còn tặng cho những người giàu có như là một cử chỉ vui tươi cho những người giàu có, chẳng hạn như trùm bánh lốp Harvey Firestone.[108][109]